全人类石化数千年后，科学少年千空率领科学王国，建造巨型帆船远渡重洋，寻找石化光线的起源之谜。
本季接续第三季，千空和伙伴们制造出帆船“珀尔修斯号”，目标直指地球另一端——据推测是石化光线源头的地方。途中他们遭遇了武力强大的“白银帝国”，帝国领袖是某个宇航员的儿子，掌握着部分太空科技。双方从激战到合作，揭露出世界石化的真相：那是一场地外文明为了“保存智慧生命”而发起的实验。千空不仅要重建文明，还要向太空发射信号。本季中，大家最爱的角色“铬”发明了无线通信，“琥珀”战斗场面增多，而宿敌“司”将以某种形式复活协助。最后，千空仰望星空：“科学，就是最伟大的魔法。”
硬核科普与热血冒险的结合依然无人能及。本季格局从日本扩大到全球，世界观爆炸式展开。每一集的造物过程都让人惊叹，看完想立刻去学数理化。
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